Separuh dari lahan Vila Botani ditanam koleksi pepohonan. Studi hutan tropis menemukan banyak ragam spesies khas, sejumlah 200 jenis per hektar di hutan tropis yang asli. Keanekaragaman ini jauh beda dari yang kita sering lihat saat hiking, karena di hutan yang ditanam manusia, biasanya pemerintah, satu jenis pohon saja mendominasi satu lahan – seperti di Taman Nasional di samping Vila Botani , spesies utama adalah pinus atau puspa. Untuk mengamati ragam tumbuhan hutan yang sebenar¬nya, kita harus berjalan beberapa jam dari kampung untuk mencapai hutan perawan yang belum pernah ditebang.

Hampir semua pohon di Vila Botani asli Jawa Barat, walaupun beberapa berasal dari berbagai tempat lain di Indonesia atau bahkan, sebagai contoh cempaka, berasal dari India. Kebanyakan pohon lokal berasal dari kelompok tumbuhan sub-montana (yang biasanya tumbuh di ketinggian antara 600 dan 1500 mdpl) dan termasuk keluarga ini:

• Euphorbiaceae, keluarga pohon karet-karetan
• Lauraceae, keluarga pohon salam-salaman
• Fagaceaem, keluarga ek (oak) pasang tropis
• Moraceae, keluarga murbei atau pohon ara
• Myrtaceae, keluarga myrtle (atau murad)

Total sekitar 2000 pohon sedang ditanam, yang mana 1800 sudah ditanam, menampilkan lebih dari 240 spesies berbeda. Sebagaimana ketika pohon semakin besar, staf Vila Botani juga menanam berbagai jenis semak di bawahnya, maka arboretum akan mirip dengan hutan tropis ketika pohon mencapai ukuran penuh. Sejak 2012, staf Vila Botani memberi plat nama di setiap pohon.

Rasamala dan puspa merupaka pohon di antara yang paling tinggi dan banyak ditanam. Beragam jenis pasang (ek atau oaks) tropis ditanam bersama di “Kebun Pasang” ke arah bagian atas Vila Botani. Kelompok yang lebih kecil, juga ditanam ke arah atas, termasuk keluarga dipterokarp, dengan getah yang bisa ditampung dan dijual sebagai resin . Di sini namanya “Kebun Damar”, berdasarkan nama getahnya. Kelompok yang satu lagi, beragam jenis dalam kelompok Lauraceae atau keluarga salam ditanam di “Kebun Huru” di bagian bawah dari Vila Botani .

Proporsi pohon yang tidak tumbuh rendah, hanya sekitar 10 persen dari jumlah yang ditanam di arboretum. Beberapa spesis tertentu kurang cocok dengan kondisi tanah di Vila Botani. Untuk spesis-spesis tersebut, tingkat kematian tanaman relatif tinggi. Contohnya jenis pohon jabon dan calik angin.